Vzorek půdy z Antarktidy z roku 2018 přispívá k záhadě pandemie covid-19

O původu SARS-CoV-2 se mezi vědci už dlouho diskutuje. Předchozí výzkum však našel raný genetický materiál jedinečné varianty SARS-CoV-2 v půdě z Ostrova krále Jiřího v Antarktidě mezi 24. prosincem 2018 a 13. lednem 2019.

V návaznosti na tato zjištění nový výzkum vědců z Veterinární univerzity Medicína z Budapešti naznačuje, že nová varianta souvisí s genetickým materiálem z mitochondrií homo sapiens, kočkodana zeleného a křečíka čínského a pravděpodobně pochází z buněčných linií Vero E6 u kočkodanů zelených a ovariálních buněk křečíká čínského, který se často používá ke studiu koronavirů v laboratoři.

„Absence přesnějších informací o vzorcích kontaminantu ponechává otevřenou možnost, že buď existují známé vzorky, které unikly naší pozornosti, nebo že existují nepublikované výsledky, které mohou být klíčové pro identifikaci původu SARS-CoV-2,“ uzavřel výzkumný tým. Vědci však upozorňují, že tato zjištění jsou předběžná a nebyla potvrzena jako vědecký fakt. Studie „Hostitelské genomy pro jedinečnou variantu SARS-CoV-2 unikly do dat metagenomického sekvenování půdy v Antarktidě“ byla nedávno zveřejněna na předtiskovém serveru Research Square. Pro upřesnění: předtisk výzkumu je předběžná verze rukopisu, která nedokončila proces recenzního řízení v žurnále.

Vzorky antarktické půdy obsahující fragmenty sekvence SARS-CoV-2 byly odeslány do laboratoře v Šanghaji v Číně v prosinci 2019. Fylogenetická analýza vzorků naznačuje, že se jedná o rané varianty související s linií Pango „A“ vyznačující se vzácnými mutacemi a dlouhou delecí na nukleotidu 21761. Výzkumníci současné studie nevěří, že SARS-CoV-2 pochází z Antarktidy, ale místo toho jim byly omylem přiřazeny hodnoty z jiného vzorku SARS-Cov-2 sekvenovaného na stejné flow cell při v zařízení pro sekvenování Sangon Biotech. To je pravděpodobné proto, že zařízení používané k sekvenování dat je náchylné k přeskakování indexu a chybám nesprávného přiřazení z kontaminovaných vzorků s párovým koncem. Současná studie se zabývá hledáním genetické stopy hostitelů ukrývajících objevené viry. Výzkumníci předpokládali, že genetický materiál hostitele nebo hostitelů mohl také uniknout do dat o sekvenování virů. Protože velikost savčího mitochondriálního genomu je podobná koronaviru, je pravděpodobnost vysokého pokrytí genomem v jedné savčí buňce vysoká, protože mají tisíce mitochondrií s vlastním genomem. Vědci použili současnou databázi obsahující informace o všech typech mitochondrií, aby zúžili své hledání pouze na savce. Pomocí termínu Vertebrata ve své taxonomii získali 6158 možných druhů. Poté porovnali sadu referenčního genomu mtDNA obratlovců s hodnotami ze vzorků virového genomu. Aby se zabránilo falešným nebo zavádějícím zásahům, výzkumníci vypočítali procento nukleotidů pokrytých mitochondriálním genomem a průměrný počet výsledků v nukleotidu (průměrná hloubka) pro každý druh. Výsledky ukázaly, že vzorky RR13441704, SRR13441705 a SRR13441708 byly nejhojnější ve výsledcích SARS-CoV-2 ve srovnání s dalšími dvěma vzorky, kde výzkumníci nemohli najít výsledky SARS-CoV-2. Vzorky s výsledky SARS-CoV-2 měly rozsáhlejší obsah mtDNA. Navíc u některých druhů měly vzorky s výsledky SARS-CoV-2 řádově vyšší pokrytí než vzorky, které neměly výsledky SARS-CoV-2. Další zprávy pocházely od druhů homo sapiens, cricetulus griseus (křečík čínský) a chlorocebus sabeu (kočkodan zelený). Protože velký počet mtDNA koreloval s množstvím obsahu SARS-CoV-2, výsledek mtDNA pravděpodobně pocházel ze stejných vzorků kontaminantů. 

Dále výzkumníci vysvětlují, že jde o významný důkaz, který ukazuje, že druhy homo sapiens, cricetulus griseus a chlorocebus sabeu jsou hostiteli detekovaného SARS-CoV-2. Protože žádný ze savců nežije v Arktidě, zjištění naznačují, že SARS-CoV-2 nepochází z Antarktidy, ale byl spíše kontaminován ve vzorcích jejich buněk. Nejpravděpodobnějším scénářem je, že šlo o kontaminované buňky v laboratoři, protože čínský křečík se používá ke studiu jiných betakoronavirů, jako jsou MERS-CoV a SARS-CoV. Buněčná linie Vero u kočkodanů zelených se používá ke studiu viru Marburg.